土壤重金属污染修复后是否达到了预期的目标，是否可以复垦为农田，生产的农作物是否达到了安全水平，这些问题均需要通过对修复后的效果进行评价来给出明确的答复。然而，目前有关重金属污染农田土壤修复效果评价指标体系方面的研究还很少。
农田重金属污染土壤修复效果的评价是一项非常复杂的工作，评价指标体系也不可一概而论，以上只是个推荐的指标体系，在评价具体工程项目的修复效果时，应结合项目的预期目标、项目特点、利益相关方要求等具体分析，适当增减确定适合该项目的指标体系，但应注意以下几点：
一是评价指标的选取要结合具体的修复项目而定，并且要最大可能的反映土壤修复后的使用功能，同时要有效防止修复过程二次污染的影响。
二是以上提出的推荐指标体系有些是约束性指标，有些是参考性指标，约束性指标是指修复后应该要达到的目标，参考性指标可作为污染土壤修复效果评价的辅助目标；此外，在实际应用时，可根据具体的工程项目，确定评价指标，并确定其性质（约束性或参考性）。
三是评价修复效果时要坚持从严的原则，如经过修复，虽然土壤质量达到了预期的目标，但生产的农产品不能达到预定的标准，则仍然不能认为该土壤已经修复好，可供复垦。
四是制定的土壤修复效果评价指标有些是有评价标准的，可根据标准进行评价，而有些没有标准可循，此时可考虑从两个角度进行评价（单独评价或是结合评价）：其一是参考文献中报道的数据或是经验数据，如有效磷指标，鲁如坤等综合各研究者的结果，提出了土壤中有效磷的分级参考值，污染土壤经修复后，其中有效磷的含量可借助该参考值进行评价；二是借助统计学的方法，如重金属生物有效态指标，修复目标可设置为污染土壤经修复后，土壤中生物有效态重金属的含量显著降低了，具体评价方法可参考北京市地方标准《污染场地修复验收技术规范》（DB11/T783-2011），此外，亦可设置相对量指标，如经修复后，土壤中重金属生物有效态含量降低50%以上。
五是各指标的分析方法应优先选用国家或行业标准方法，无标准方法可供使用时，可以考虑选用ISO或EPA的推荐方法，如仍然没有，则可以选用学术界公认的方法进行分析，但要分析说明方法的适用性。
六是应结合修复工程项目特点，分析开展修复效果长期跟踪监测和评价的必要性（包括地表水、地下水、农产品的跟踪监测），并提出具体的长期跟踪监测评估方案。
重金属污染农田土壤修复效果评价涉及法律法 规、标准体系、导则规范以及土壤学、生态学、毒理学等多学科领域。重金属污染土壤修复效果的评价依赖于土壤修复标准的制定，而土壤修复标准的制定需要以土壤修复基准作为依据。因此，应加强从污染生态毒理学、人体健康学等角度研究土壤中污染物的阈值，从而为制定土壤修复标准提供基础数据和科学依据。
